1)用 R Studio 進(jìn)行全部分析

　　少數(shù)極客程序員可能會(huì)偏愛(ài)基礎(chǔ) R 下載中自帶的簡(jiǎn)約終端界面，但對(duì)大多數(shù)人來(lái)說(shuō)，R Studio 是不二之選，毫無(wú)疑問(wèn)。你可以觀看我關(guān)于如何安裝它的視頻教程。

　　2)創(chuàng)建一個(gè)新項(xiàng)目(File > New Project)

　　你在這里設(shè)置的目錄就是用于存放數(shù)據(jù)、腳本以及分析相關(guān)所有文件的文件夾。

　　3)在項(xiàng)目文件夾中創(chuàng)建以下文件夾結(jié)構(gòu)：

　　“data” 存放所有數(shù)據(jù)，并分為 “raw”(原始數(shù)據(jù))和 “processed”(處理后數(shù)據(jù))。

　　“raw” 里保存你錄入或下載的數(shù)據(jù)(通常是 Excel 表格)，

　　“processed” 里保存處理好、可直接導(dǎo)入 R 的 CSV 文件。

　　“output” 用來(lái)保存所有由 R 生成的圖表和表格。

　　“scripts” 用來(lái)放所有 R 代碼文件。

　　最后，“temp” 文件夾可選，但非常有用。它可以用來(lái)保存臨時(shí)輸出或你想嘗試但不會(huì)用于最終分析的腳本和文件，避免和正式結(jié)果混淆。

　　4)創(chuàng)建你的 R 腳本

　　除非你的分析非常簡(jiǎn)單，一般都應(yīng)該使用多個(gè)腳本(特別是當(dāng)你的項(xiàng)目規(guī)模大到可以寫成論文時(shí)幾乎一定需要這樣)。理想情況下，每個(gè)腳本都是一段可以一次性運(yùn)行的代碼。雖然并非總能做到，但盡量保持這一原則，并為每個(gè)分析部分單獨(dú)創(chuàng)建腳本。我建議你一開始就創(chuàng)建以下腳本：

　　一個(gè)用于加載所有包和自定義函數(shù)的腳本

　　一個(gè)用于清理與準(zhǔn)備數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的腳本

　　一個(gè)用于項(xiàng)目中每個(gè)分析的腳本。例如，在一個(gè)研究中，你可能既需要一個(gè)可視化用的雙直方圖圖形，也需要一個(gè)線性混合效應(yīng)回歸來(lái)檢驗(yàn)主要假設(shè)。這兩個(gè)步驟都應(yīng)該用單獨(dú)的腳本。

　　腳本命名格式推薦為：“##_name_v#”，其中 ## 表示腳本運(yùn)行順序，“name” 是描述，“v#” 是版本號(hào)。有時(shí)你需要調(diào)整腳本，但又希望保留舊版本以防出錯(cuò)，這時(shí)創(chuàng)建一個(gè)更新版本的文件就很有必要。所以最終你的一組腳本可能如下：

　　00_packages_v1.r

　　01_dataclean_v1.r

　　02_HistogramFigure_v1.r

　　03_LMER_v1.r

　　5)每個(gè)腳本開頭都寫上整個(gè)項(xiàng)目的說(shuō)明以及腳本的具體功能

　　注釋越清晰越好，這里給一個(gè)示例：

　　內(nèi)容大致就是這樣!以后每次打開 RStudio 中的項(xiàng)目，所有腳本都會(huì)自動(dòng)打開。只需要確保在運(yùn)行其他腳本前先運(yùn)行 packages 和 dataclean 腳本即可。使用 RStudio Projects 的好處是：不需要寫 setwd()，只要在讀取數(shù)據(jù)時(shí)加上 “data/processed/”，導(dǎo)出文件時(shí)加上 “output/” 或 “temp/” 即可。